Faktura końcowa wystawiana jest na różnicę jaka pozostała do zapłaty. Dokument ten wystawia się, jeśli płatności z faktur zaliczkowych nie pokrywają wartości całej dostawy towarów lub świadczenia usług.
Na fakturze końcowej należy sumę wartości towarów lub usług pomniejszyć o wartość otrzymanych już części zapłaty. Równocześnie należy pomniejszyć też kwotę podatku o sumę kwot podatku wykazanych we wcześniejszych fakturach zaliczkowych. Dodatkowo, faktura końcowa powinna zawierać wszystkie numery faktur zaliczkowych wystawionych przed dostawą towaru lub wykonaniem usługi. Nie ma za to obowiązku podawania na takiej fakturze dat wystawienia wcześniejszych faktur zaliczkowych oraz kwoty otrzymanych zaliczek. Jednak dla porządku warto te informacje podać.
Jeśli byłoby więcej niż jedna faktura zaliczkowa, a faktury te obejmowałyby łącznie całość zapłaty (100% ceny za dostarczony towar lub świadczoną usługę), to ostatni z tych dokumentów powinien zawierać także numery wszystkich poprzednich faktur zaliczkowych.
